+ كنيسة الشهيد مارمينا الاثرية " كنيسة المغارة " +
تقع فى أعلى الحصن الاثرى وداخل المغارة وبها حامل أيقونات أثرى وباب الهيكل يشبه باب النبوات الموجود بدير السريان العامر بوادى النطرون وقد دشن مذبحها القديس البابا أثناسيوس الرسولى فى فترة وجوده بالمغاره على اسم الشهيد مارمينا العجائبي .
+ كنيسة السيدة العذراء القديسة مريم والملاك ميخائيل الأثرية +
هى مذبح جميل منحوت بالكامل فى الصخر وقد حولها البابا ثاؤفيلس البابا الثالث والعشرون من بربا فرعونى إلى مذبح على اسم السيدة العذراء ورئيس الملائكة ميخائيل .
+ كنيسة البابا أثناسيوس الرسولى +
توجد بالحصن الاثرى فى الدور الثانى وهى خاصة بالأباء الرهبان فقط وهى على اسم القديس البابا أثناسيوس والأنبا أرسانيوس معلم أولاد الملوك .
+ كنيسة الشهيد مارمينا " كنيسة المزار " +
هى كنيسة كبيرة تسع عدد كبير من المصلين ويتم فيها عمل التسبحة والقداسات اليومية وصلاة الغروب وبها أجزاء من رفات الشهيد مارمينا شفيع الدير والقديس البابا أثناسيوس الرسولى وبعض الشهداء والقديسين .
+ كنيسة القديس الأنبا بيشوى +
كنيسة خاصة بالأب الأسقف رئيس الدير ويصلى فيها مع الأباء الرهبان مجمع الدير فى مناسبات خاصة بالدير .
+ كنيسة الكاروز مارمرقس الرسول +
توجد بمبنى الخدمات ( قصر الضيافة ) وتسع لعدد 500 فرد .